Подготовленных специализированных убежищ в Эстонии нет. Военные убежища советского периода практически разрушены и не соответствуют реалиям времени, а современные так и не были построены.
В частности в столице Эстонии, Таллинне, нет метро, а многие районы и пригороды застроены малоэтажными домами, многие из которых не имеют подземного паркинга, а подвалы зачастую маленькие и сырые.
Самым эффективным местом, способным защитить людей от прямого попадания снаряда является бункер. Обычно бункеры строятся под землей, стены и дверь в них толщиной в несколько метров. Такие помещения оборудованы системой жизнеобеспечения, включая воздухообмен, источники электричества и воды. В убежище есть туалет, места отдыха и приготовления пищи, люди могут длительное время пережидать внешние угрозы.
Бункеры использовались во время Второй Мировой войны для размещения командных центров, складов боеприпасов и других важных военных объектов.
Во время холодной войны эти же бункеры использовались на случай ядерной войны, в частности для укрытия правительств и стратегических войск, а в самых больших были размещены аэродромы и транспортные ангары.
В Таллинне в районе Пирита-Козе можно посетить сохранившийся двухуровневый советский бункер «Орбита». Внутри когда-то была налажена автономная система жизнеобеспечения — вентиляционная установка, насосная, канализация, водопровод и дизельные электрогенераторы. Сейчас можно лишь говорить о развалинах убежища, фактически об историческом памятнике, в случае реальной угрозы оно едва ли поможет спастись. Многие другие убежища находятся в частной собственности и посетить их невозможно.
В 2018 году Министерством внутренних дел Эстонии в сотрудничестве с государственной канцелярией было разработано положение о защите гражданского населения. Было предложено создать специальную команду, отвечающую за разработку единой системы оповещения и сети бомбоубежищ. Данный проект, безусловно, требовал существенного финансирования из государственного бюджета.